O teste de paternidade por DNA baseia-se na comparação de sequências específicas do DNA de um filho com as de sua mãe e do suposto pai. O filho herda metade de seu material genético da mãe e metade do pai. Portanto, em uma análise de marcadores genéticos, espera-se que cada banda (marcador) presente no DNA do filho:
corresponda a uma combinação exata de todas as bandas presentes no DNA da mãe.
seja idêntica a todas as bandas encontradas no DNA de qualquer indivíduo da população.
seja exclusiva e não corresponda a nenhuma banda da mãe ou do suposto pai.
corresponda a uma banda presente no DNA da mãe ou a uma banda presente no DNA do suposto pai.
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A técnica analisa regiões do DNA que são altamente variáveis entre as pessoas (polimorfismos). Como o filho é uma combinação genética 50/50 dos pais, cada marcador genético que ele possui deve ter sido herdado de um deles. Se uma banda no DNA do filho não pode ser encontrada nem no DNA da mãe, nem no do suposto pai, então este último é excluído da paternidade.
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